哺乳綱 獣亜綱真獣下綱 霊長目 真猿亜目 オナガザル科 ニホンザル(N1001・N6161)
偶蹄目 イノシシ亜目 イノシシ科 イノシシ(N3061)・リュウキュウイノシシ(N6156)
反芻亜目 シカ科 ヤクシカ(N3090)・ホンシュウジカ(N5136
ウシ科 ニホンカモシカ(N1011)
奇蹄目 ウマ亜目 ウマ科
くじら目 歯クジラ亜目 マッコウクジラ科 マッコウクジラ(M2SP1)
アカボウクジラ科
マイルカ上科 ネズミイルカ科 スナメリ(N1017)・イシイルカ(N4111)
マイルカ科 カマイルカ(N5126)・ハンドウイルカ(A1001)マゴンドウ(A2015)
ヒゲクジラ亜目 セミクジラ科 セミクジラ(N3065)
ナガスクジラ科 ニタリクジラ(N3079)・ザトウクジラ(N6163A2026)
コククジラ科
食肉目 イヌ上科 イヌ科 キツネ(N1013)・タヌキ(N2042)・ニホンオオカミ(N2046・T1SP1)・キタキツネ(N6152)・柴犬(P1001)
クマ科 ヒグマ(N2027)・ツキノワグマ(N3080)
アライグマ科 アライグマ(N4100)
イタチ科 テン(N1004)・オコジョ(N2025)・ニホンカワウソ(N2034)・アナグマ(N3063)・ラッコ(N0373)・ニホンイタチ(N4097)・ツシマテン(N6146)
ネコ上科 ネコ科 イリオモテヤマネコ(N1019)・ツシマヤマネコ(N5121)・日本猫(P1014)
ジャコウネコ科 ハクビシン(N5139)
鰭脚目 アシカ科 トド(N3058)・ニホンアシカ(N6149)
セイウチ科
アザラシ科 クラカケアザラシ(N1020)・ゼニガタアザラシ(N4106)
海牛目 ジュゴン科 ジュゴン(N5129)
齧歯目 リス亜目 ヤマネ科 ヤマネ(N1002)
リス科 モモンガ(N2044)・エゾシマリス(N3076)・ニホンリス(N3096)・ムササビ(N4110)・エゾリス(N5128)・エゾモモンガ(N6150)
ヤマアラシ亜目 カプロミス科 ヌートリア(N3066)
ネズミ亜目 ネズミ科 アカネズミ(N3031)・カヤネズミ(N3057)・ハタネズミ(N4120)・ケナガネズミ(N5143)・マウス(P3039)
うさぎ目 ウサギ科 ノウサギ(N1008)・アマミノクロウサギ(N3053)・日本白色種(P3033)
ナキウサギ科 エゾナキウサギ(N5122)
翼手目 小翼手亜目 ヒナコウモリ科 ウサギコウモリ(N2039)・クロアカコウモリ(N6154)
オヒキコウモリ科
キクガシラコウモリ科
カグラコウモリ科
大翼手亜目 オオコウモリ科 ダイトウオオコウモリ(N5137)
食虫目 トガリネズミ上科 モグラ科 ヒミズ(N1016)・アズマモグラ(N4108)
トガリネズミ科 カワネズミ(N5124)・トガリネズミ(N6160)