検索バーに入力してWeb検索した文字列は、そのままページ内を検索したりマーキングで使用したりできます。
しかし、Webページに直接入力して検索した文字列は、検索バーにコピーペーストなどで貼り付けなければ使用できません。
検索クエリー連携機能を使用すると、Webページに直接入力して検索した文字列を、検索バーに自動で貼り付けることができ、そのままページ内の検索などに利用できるようになります。
検索クエリー連携は、検索サイトごとにカスタマイズする必要があります。
メニューの[ツール]-[NavigationStudio オプション]の[検索クエリー連携]で、カスタマイズすることができます。
NavigationStudio オプション

【カスタマイズ方法】
Googleのサイト上に"NavigationStudio"と入力して"Google 検索"ボタンを押すと、以下のURLがアドレスバーに表示されます。
http://www.google.co.jp/search?hl=ja&source=hp&q=NavigationStudio&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2&lr=&aq=f&aqi=&aql=&oq=
オプション画面のURLにはhttp://から?までを、クエリー名には"NavigationStudio"の前のq=を入力します。
エンコードは、Webページによって違いますので、下記を参考にして指定してください。
"テスト"を検索した場合
%E3%83%86%E3%82%B9%E3%83%88 → Unicode (UTF-8)
%A5%C6%A5%B9%A5%C8 → 日本語 (EUC)
%83e%83X%83g → 日本語 (シフト JIS)
%83%65%83%58%83%67 → 日本語 (シフト JIS)