ダウンロードしたZIPファイルを適当なフォルダーに全て展開し、NavigationStudio.exeを実行してください。
インストール時に展開したファイルをすべて削除してください。
NavigationStudioを終了した後で、ダウンロードしたZIPファイルを適当なフォルダに展開し、NavigationStudioを実行しているフォルダーに上書きしてください。
NavigationStudioの設定ファイルは、Windowsにログインしているユーザー名単位で管理されます。
USBメモリなどで持ち運び、普段使用していないPCなどで使用する場合、ログインユーザー名が違う場合がほとんどだと思います。
そのような場合は、NavigationStudio.exeがあるフォルダに、SingleAccount.iniという空のファイルを作成してください。
そうすることで、NavigationStudioの起動時に+Profile+というフォルダーが作成され、ログインしているユーザー名にかかわらず、設定ファイルなどはその中に保存されるようになります。
お気に入りは+Profile+内のFavoritesが対象になります。
NavigationStudioの設定ファイルは、Windowsにログインしているユーザー名単位で管理されます。
キーボードのカスタマイズやマウスジェスチャー、その他基本動作の設定は、NavigationStudio.exeの下に作成されるユーザー名のフォルダーの中にあるNavigationStudio.iniに保存されています。
※ WindowsVistaで特定の条件下（UACが有効でProgram Files以下にある場合など）では、別のフォルダーに保存されている場合があります。
別のPCに設定を移行したい場合は、設定済みのNavigationStudio.iniを同様のフォルダーにコピーしてください。＜不親切ですみません。。