| 学名 | 1900-1950 | 1950-1969 | 1970-1989 | 1990-1999 | 環境庁1993 | 採集記録 | 和名 | RDB分類 | 長野県版レッドリスト |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rhinolophidae | キクガシラコウモリ科 | ||||||||
| Rhinolophus ferrumequinum | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | キクガシラコウモリ | 留意種 | |
| Rhinolophus cornutus | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | コキクガシラコウモリ | 留意種 | ||
| Vespertilionidae | ヒナコウモリ科 | ||||||||
| Myotis macrodactylus | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | モモジロコウモリ | 準絶滅危惧 | ||
| Myotis ikonnikovi | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ヒメホオヒゲコウモリ | EN | 絶滅危惧IB | |
| Myotis pruinosus | ○ | クロホオヒゲコウモリ | EN | 絶滅危惧IB | |||||
| Myotis frater kaguyae | ○ | ○ | ○ | ○ | カグヤコウモリ | VU | 絶滅危惧IA | ||
| Myotis nattereri | ○ | ○ | ○ | ノレンコウモリ | EN | 絶滅 | |||
| Pipistrellus abramus | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | アブラコウモリ | ||
| Pipistrellus endoi | ○ | ○ | モリアブラコウモリ | EN | |||||
| Eptesicus japonensis | ○ | ○ | ○ | クビワコウモリ | EN | 絶滅危惧IB | |||
| Nyctalus aviator | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ヤマコウモリ | VU | 絶滅危惧II |
| Vespertilio superans | ○ | ○ | ○ | ヒナコウモリ | VU | 情報不足 | |||
| Barbastella leucomelas | チチブコウモリ | VU | |||||||
| Plecotus auritus | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | ウサギコウモリ | VU | 準絶滅危惧 |
| Miniopterus schreibersi | ○ | ユビナガコウモリ | 絶滅危惧IA | ||||||
| Murina leucogaster | ○ | ○ | ○ | ○ | ○ | テングコウモリ | VU | 準絶滅危惧 | |
| Murina silvatica | ○ | ○ | ○ | ○ | コテングコウモリ | VU | 情報不足 | ||
| Molossidae | オヒキコウモリ科 | ||||||||
| *Tadarida insignis | オヒキコウモリ | DD | 情報不足 | ||||||